La lithothérapie est une médecine non conventionnelle qui cherche à soigner par le biais des cristaux. (comme Améthyste, Quartz, Œil de Tigre, Labradorite, Aigue-marine, Rubis, Turquoise etc.) Elle considère que les cristaux émettent naturellement une «résonance» ou une «vibration» singulière capable d'améliorer le bien-être de la personne à son contact ou à proximité.

Il n'y a pas de preuves scientifiques de l'efficacité de cette thérapie ou de l'existence d'une « énergie » spécifique aux cristaux.

Selon cette théorie, les cristaux émettraient une énergie dite fine[2], bénéfique quelle qu'en soit sa forme : brut, poli, taillé. Les pierres peuvent ainsi être portées sur soi sous forme de pendentif, de collier, de bracelet ou être disposées dans la pièce sous sa forme brute, de géode ou d'objet de décoration (animaux, arbre, fontaine, etc). La zone de portée augmenterait avec la taille du cristal.

Certains lithothérapeutes utilisent aussi une méthode dite « d'élixir » : un cristal est plongé plus ou moins longuement dans de l'eau distillée ou une autre solution au contact des rayons du soleil, de la lune ou bien dans l'obscurité. Le liquide ainsi obtenu est ingéré par le patient selon une posologie précise qui dépendrait du type d'élixir et de l'effet escompté. Cette pratique comporte néanmoins des risques, comme la migration de métaux lourds présents dans certaines pierres et minéraux.

En lithotérapie, un cristal agit selon son type sur la « fréquence vibratoire » de certains points du corps, appelés Chakra ou Méridien (médecine traditionnelle chinoise) (similaires à ceux utilisés en Acupuncture). Pour cela les lithothérapeutes utilisent plusieurs méthodes selon la sensibilité physique du cristal. Parmi elles il y a : l'immersion du cristal dans de l'eau distillée ou de source salée ou non, l'enfouissement dans la terre pour le « purifier » (l'eau salée et la terre étant censées agir comme des terrains neutres, ou « l'énergie » vas se déverser, « purifiant » la pierre, puis le déposer sur un amas de cristal (cristal de roche, améthyste) appelé « druse » en lumière solaire, lunaire ou stellaire, au contact de la nature ou près d'une flamme, afin qu'il se « recharge » d'une « énergie », qu'il échangera à nouveau contre celle des patients. Certain Lithothérapeutes préconisent d'attribuer à chaque druse un usage particulier, il convient donc de « programmer » celles-ci à un usage et pas un autre.

D'autres croyances sont souvent adoptée, par exemple celle que tout individu posséderait des chakras qui selon leur état, soit surdimensionnés soit affaiblis ou bloqués, influenceraient l'attitude générale d'une personne. Les cristaux permettraient d'aider à dénouer ou à réequilibrer les chakras déficients.

De ce fait, la lithothérapie tend également à croire à l'influence des « vibrations » émises par les couleurs (chromathérapie). Chaque chakra est rattaché à une couleur et les cristaux portant cette couleur influenceraient positivement le chakra relié. Chakra de la Racine (Rouge), du Sexe (Orange), du Plexus Solaire (Jaune), du Cœur (Rose et Vert), de la Gorge (Bleu clair), du Troisième Œil (Indigo, Bleu foncé), de la Couronne (Violet).