Les stigmates sont les traces des plaies infligées à Jésus-Christ au cours de sa crucifixion, selon le Nouveau Testament.

Dans l'acception religieuse, stigmates est toujours un nom masculin pluriel, à la différence des significations médicale (plaie, cicatrice), judiciaire (marque d'infamie), militaire (marque faite sur les recrues dans l'Empire romain), botanique et autres.

À l'imitation de Jésus, diverses personnes ont présenté, dans l'histoire du christianisme, des marques semblables à celles du Christ sur diverses parties de leur corps :

• sur les mains ou les poignets, rappelant les plaies causées par les clous ;
• sur les pieds ou les chevilles, rappelant les plaies causées par les clous ;
• sur la tête, rappelant les plaies causées par la couronne d'épines ;
• sur le dos, rappelant les coups de fouet ;
• sur le flanc, rappelant la plaie causée par une lance.

Ces personnes sont dites « stigmatisées ». À ce jour, l'Église catholique n'a reconnu que deux stigmatisés : François d'Assise et Catherine de Sienne. De nombreux tableaux et sculptures les représentent recevant les stigmates.

Le premier des stigmatisés est François d'Assise. Plusieurs peintres le montrent séjournant sur le mont Alverne (La Verna ?) en 1224, voyant un séraphin à six ailes flottant dans les airs dont le corps est fixé à une croix, comme le Christ. Selon la tradition franciscaine, une fois la vision disparue, François d'Assise aurait constaté l'apparition sur son propre corps de marques semblables à celles qui furent faites à Jésus, marques qui seraient restées indélébiles mais qu'il n'a jamais révélées de son vivant. Son corps fut ainsi porteur de deux stigmates qui n'auraient été découverts qu'après sa mort.

Une procédure de reconnaissance a été ouverte concernant Padre Pio lors de sa canonisation ; d'autres ont également été béatifiés ou canonisés, comme sainte Rita, saint Jean de Dieu, Marie de l'Incarnation, Anna Katharina Emmerick, Veronica Giuliani, ou Gemma Galgani sans que l'Église les reconnaisse pour stigmatisés.

On peut citer d'autres personnes, non reconnues par l'Église, ni comme saintes ni comme stigmatisées, entre autres Thérèse Neumann ou Marthe Robin, pour lesquelles une demande de béatification a été déposée auprès du Vatican depuis plusieurs années.

Du côté de ceux qui nient l'origine divine des stigmates, l'hypothèse la plus communément admise est que ce phénomène est une manifestation d'hystérie.

Certains auteurs ont été portés à dresser des parallèles entre le phénomène des stigmates et les menstruations. Analysant le livre de Jean-Pierre Albert, Le sang et le Ciel. Les saintes mystiques dans le monde chrétien, Claudine Leduc écrit : « Et Jean-Pierre Albert d'émettre l'hypothèse que la sainte, à cause de l'impureté du sang menstruel qui s'écoule du corps des femmes, est dans l'obligation de reconquérir sans cesse sa sainteté en faisant s'échapper de son corps un sang sublimé. » Des féministes ont même écrit : « Un médecin, J. Lhermitte, a établi que la plupart des femmes (saintes ou non) ne sont stigmatisées qu'entre 15 et 50 ans, période pendant laquelle la femme a ses règles.

Les stigmates sont eux aussi soumis à des rythmes cycliques : « Natuzza Evolo (it) (1924-2009) les voyait apparaître chaque année pendant le Carême, Gertrude d'Oosten (1358), chaque jour aux heures canoniales [mais] la formule la plus habituelle est qu'ils saignent le vendredi avec plus d'abondance, ou exclusivement ce jour-là, et sont à peine visibles le reste du temps ». Vu que des hagiographes précisent souvent que le sang des stigmates est parfumé et que les saintes n'ont plus leurs règles, certains sceptiques sont portés à penser que la stigmatisation serait une conversion opérée par la conscience religieuse du sang menstruel : à un sang impur, doté, dit-on, d'une odeur forte et délétère, se substitue un sang dont le parfum signale la pureté. De telles considérations, cependant, semblent difficilement conciliables avec le phénomène des stigmatisations masculines, qui présentent également de semblables caractéristiques